Human Protein Atlas:蛋白表达工具介绍(上)

生物医学知识体系庞杂，光是蛋白质就有几万种，文献浩如烟海，查找既费时又费力。在研究某个蛋白之初，我们往往会因为数据庞大而无从下手。这个XXX蛋白究竟是个什么鬼？在什么细胞表达？表达在什么部位？用什么细胞研究比较靠谱？有没有可参考的免疫组化/印迹阳性对照？这些基本问题是进入研究前必须了解的。可是，面对茫茫文献，想要准确找到这些基本信息，还真得牺牲不少仅存的发际线。

下面，我介绍一款蛋白质数据库神器，挽救你的发际线！

数据库名为Human Atlas，传送门：.org/。

Human Atlas（HPA）提供了26000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息。在该数据库中，研究人员使用高度特异性的抗体，用免疫检测技术（免疫印迹、免疫荧光和免疫组化），详细地检测了每一种蛋白在64个细胞系、48种人类正常组织和20种肿瘤组织中的表达情况，数据详实。

根据不同维度，HPA数据库分为Cell，和三个版块，分别展示了蛋白在细胞、正常组织和癌变组织中的表达情况。我以肿瘤常见的标记物为例，向大家展示HPA的强大功能。

首先打开，在搜索框中输入，点击：

界面的第一栏即为要查询的目的蛋白，我们分别以Cell，和三个版块为顺序浏览。

版块一：CELL

点击图中绿色的Cell，进入该版块。此版块分5个栏目，即CELL ALTAS, RNA , HUMAN CELLS, GENE/和 AND ，分别介绍了的详细信息。

1.CELL ATLAS

“CELL ATLAS”列出了的基本情况，包括基因名（VIM），蛋白性质和表达形式（中间丝蛋白，胞内表达）、转录子数等。右侧的细胞结构图展示了蛋白在细胞内的空间分布，表达处显示为绿色。可见，主要表达于细胞质中。

在DATA 一栏中，的 score为“”，表明的表达是经抗体实测证实的，数据可靠。点击右下方的SHOW MORE，可看到的表达用了三种抗体（ ， 和 ）来验证。图中列出了抗体的详细信息，包括供应商（Sigma-）、来源物种（兔/鼠）、单/多抗、纯化方法等。同时还提供了每种抗体的具体实验结果，包括免疫荧光、免疫组化和WB等，这些信息可为大家选择抗体提供指导。

2.RNA

这一栏介绍了在64种不同细胞系中的RNA表达情况。这些表达情况可以按Organ, , 和等方法分类。比如在分类下， 我们可以看到在ASC TERT细胞中RNA表达水平最高。

3.HUMAN CELLS

这一栏目可视化地显示了在细胞中的具体空间分布。其方法是用上述的 抗体行间接免疫荧光，分别检测在ASC TERT，U-2 OS和U-251 MG细胞中的分布情况。

点击一张荧光图，可以高清显示在细胞中的分布。通过选择不同的通道（如, , , ER），可分别以细胞核，微管蛋白和内质网的表达为参照，精确定位在细胞内的空间分布。

选择，可比较在不同细胞系中的表达情况。

4.GENE

这一栏主要展示了的基本信息，与第一栏CELL ATLAS基本一致。值得注意的是，此处还提供了一些有用的外链，比如，便于快速查询的其它关键信息，如氨基酸序列、长度、蛋白功能和二、三级结构等。

5. AND

此栏目展示的信息与CELL ATLAS中DATA 的SHOW MORE一样，介绍了用于验证表达的抗体的详细信息，见上述。

总结：“CELL”版块主要提供了细胞尺度下的蛋白表达情况，其中比较关键的信息是蛋白在不同细胞、以及同一细胞内的空间分布情况，这些数据以免疫检测实验结果展示，为后续实验参考提供了极大的便利。

好了，今天的介绍就先到这里，明天，将会为各位带来大家更加关心的蛋白在和中的表达情况查询，敬请关注！